Летом 1989 года в селе Ферапонтово была образована православная община.
Управлением юстиции Администрации Вологодской области 30 сентября 1999 года была зарегистрирована Местная православная религиозная организация прихода храма Богоявления села Ферапонтова Кирилловского района Вологодской области Русской Православной церкви (Московский Патриархат).
31 июля 2006 года между ФГУК «Кирилло-Белозерский историко-архитектурный и художественный музей-заповедник» и Местной православной религиозной организацией прихода храма Богоявления был заключен договор №34А безвозмездного пользования объектом культурного наследия религиозного назначения. Согласно договору были переданы общине надвратные церкви Богоявления и Ферапонта, являющиеся частью (2 этаж) памятника истории и культуры, входящего в состав ансамбля Ферапонтова монастыря.
В 2008 году в селе Ферапонтово была освящена новая деревянная церковь преподобного Нила Сорского, находящаяся за пределами Ферапонтова монастыря.
8 июля 2014 года Указом №187 епископа Вологодского и Великоустюжского Игнатия было образовано Архиерейское подворье Ферапонтов монастырь вместо прихода храма Богоявления. Настоятелем подворья назначен иеромонах Иоасаф (Вишняков).
Надвратный храм Богоявления с приделом преподобного Ферапонта Белозерского открыт ежедневно с 9.00 до 17.00. В храме работает церковная лавка, где можно заказать монастырские поминовения о здравии и о упокоении, купить свечи, иконы, духовную литературу и церковную утварь. В храмах монастыря совершаются регулярные богослужения. В субботу в 17.00 совершается Всенощное бдение, в воскресенье в 09.00 – Божественная литургия. По субботам совершаются молебны и панихиды.
В надвратном храме Богоявления находятся особо почитаемые святыни: икона Божией Матери Скоропослушница, написана на Афоне в начале прошлого века для возобновленного монастыря, и фелонь святого праведного Иоанна Кронштадтского, в которой он служил в Ферапонтовом монастыре. Фелонь для святого праведного Иоанна Кронштадтского шила мать Мартиниана, последняя игуменья Ферапонтова монастыря.
Контактный телефон: +7-921-237-25-59 - настоятель Архиерейского подворья Ферапонтов монастырь иеромонах Иоасаф (Вишняков).
8 июля 2014 года Указом №185 епископа Вологодского и Великоустюжского Игнатия была образована Местная православная религиозная организация приход храма преподобного Нила Сорского с. Ферапонтово.
Музей тесно сотрудничает с православными религиозными организациями. Значительное количество музейных мероприятий проходит при участии духовенства.
