В Музее (Московская башня) представлены вещи из семейного архива писателя: картины, деревянная скульптура, эмаль, книги, фотоматериалы и, самое интересное – записки и зарисовки самого автора, личные вещи.
На выставке в музее Преображенского особое внимание уделено участникам операции ‒ уроженцам и жителям Кириллова и Кирилловского округа, а также помощи жителями Вологодского региона защитникам и жителям Новороссии.
В Кирилло-Белозерском музее-заповеднике открылась для посещения полностью отреставрированная церковь Преображения Господня 1595 года. Это второй надвратный храм крупнейшего православного монастыря Европы с сохранившимся иконостасом 16 века
В Подклете Трапезной палаты открылась выставка "Чайная церемония", на которой представлены атрибуты русского чаепития XIX–XX веков из собрания Кирилло-Белозерского музея-заповедника
Музей Евгения Преображенского посвящен советской авиации времен Великой Отечественной войны. Он расскажет о подвигах летчиков – уроженцев Кирилловского района, участниках войны, конструкторах авиационной техники и авиационного вооружения. Самой значимой фигурой выставки является Герой Советского Союза, генерал-полковник авиации, лично командовавший флагманским экипажем при первой бомбардировке Берлина летом 1941 г. – Е.Н. Преображенский.
В ризнице и многочисленных храмах Кирилло-Белозерского монастыря хранилась богатейшая коллекция предметов церковного убранства и священнических облачений. Многие из них были изготовлены из тканей, произведённых в Италии, Франции, Персии, Турции. Часть дорогих материй приобреталась на монастырский счёт, часть ‒ поступала в обитель в качестве вкладов. Впоследствии богослужебные одеяния многократно перешивались, что позволяло использовать ценные древние ткани на протяжении нескольких веков, нередко комбинируя их с более поздними. На выставке «Ткани иностранного производства XV‒XVII веков из собрания Кирилло-Белозерского музея-заповедника» представлены подобные «сборные» памятники ‒ фелони, стихари, епитрахили, сшитые из разновременных тканей XVI‒XVIII веков, изготовленных в разных странах.
В 1901 году деревянный одноэтажный дом на Большой Набережной (ныне ул. Гагарина, д.103) принадлежал наследникам крестьянина Алексея Борисовича Кузнецова. В начале ХХ века, по воспоминаниям старожилов, в доме жил врач городской земской больницы Иоаким Яковлевич Нодельман, прослуживший в Кирилловском уездном земстве тридцать пять лет и скончавшийся в 1919 году. Затем в разные годы в здании размещались контора леспромхоза, детское отделение районной больницы, детский сад, начальная школа (до 2009 года). В феврале 2010 года по ходатайству Кирилло-Белозерского музея-заповедника администрация Кирилловского района передала пустующее здание в безвозмездное пользование музею. После ремонта в нём разместился отдел музея, изучающий и показывающий историю города Кириллова и Кирилловского района.
Новый музей не может пока представить историю Кирилловского края во всей её полноте, но он даёт возможность заглянуть в прошлое и увидеть, как жили люди в Кириллове сто лет тому назад, какие вещи окружали горожан в их повседневной жизни, как преображалась домашняя обстановка в праздничные дни.
Постоянная экспозиция Музея истории города и района представляет интерьер жилого городского дома, построенного в конце XIX века. Авторы музейной реконструкции не ставили своей целью показать реально существовавшие интерьеры комнат этого здания, воссоздать их с исторической достоверностью на тот или иной период. Тем не менее, воссоздана первоначальная планировка дома, восстановлены растёсанные стены с первоначальными дверными проёмами, закрыты поздние проёмы. Смешение в одном пространстве предметов городского быта разных эпох служит своеобразным напоминанием о нескольких поколениях жителей города Кириллова. Обои, характер драпировок на окнах, стилизованные люстры позволяют погрузиться в атмосферу, характерную для конца девятнадцатого века – времени строительства дома.
Кирилло-Белозерский музей-заповедник обладает уникальным собранием русской средневековой живописи и обширной коллекцией произведений церковного искусства.
Значительное место в собрании Кирилло-Белозерского музея-заповедника занимают произведения лицевого и орнаментального шитья. Все эти предметы – высокохудожественные произведения прикладного искусства.
Архитектурная конструкция церкви, возведенной кирилловскими мастерами, проста и лаконична. Это небольшой четверик с восьмигранным шатром, тонким световым барабаном и луковичной главкой.
Резная надпись на белокаменной храмоздательной доске у входа в церковь сообщает о завершении ее строительства 1 августа 1641 г. Главная святыня храма – мощи преподобного Мартиниана – находятся под спудом в нише у северной стены. Подвижник возглавлял Ферапонтову пустынь между 1427 и 1435 годом. Влияние этой сильной, активной личности отразилось на всех сферах хозяйственной и духовной жизни монастыря, так что в грамотах, вплоть до XVI века, пустынь именуется «Мартемьяновской». Умер преподобный в 1483 году.
В настоящее время в фонде почти полностью представлена коллекция "Керамика", кроме изразцов. Основную часть «открытого» фонда составляет коллекция народной керамики: чернолощеные сосуды, красноглиняные пивные корчаги, горшки, кринки, разливы, миски, латки и другая глиняная посуда конца XIX − начала XX веков, собранная в ходе экспедиций в Кирилловском, Белозерском, Вожегодском, Тарногском и Вашкинском районах Вологодской области. Сотрудниками музея выявлены крупные центры по производству керамики, собран материал по истории промысла, технике изготовления, использованию и сбыту продукции. Одним из крупных поступлений была керамика из мастерской Александра Павловича Левашова (1909–1984 гг.) из деревни Ситька Николоторжского с/с Кирилловского района. До сих пор его авторские работы являются основой выставки по гончарному производству. Особый интерес представляет собой чернолощеные керамические сосуды из Белозерского района и бывшей Бураковской волости, по своей обработке блестящие, похожие на металлические. В составе коллекции есть работы современных народных мастеров России С.Г. Феньвеши и В.В. Холщагина, члена Союза художников С.А. Лопатенко из г.Череповца.